Заповедник занимает земли Краснодарского края, Республики Адыгея и Карачаево-Черкесской Республики РФ, вплотную примыкает к государственной границе с Абхазией. В отрыве от основной территории, в Хостинском районе Сочи, расположен субтропический Хостинский отдел заповедника — всемирно известная тисо-самшитовая роща, площадью 302 гектара. Общая площадь заповедника — 280 335 гектаров. Он окружен охранной зоной, многочисленными заказниками и памятниками природы, а к его южной границе примыкает Сочинский национальный парк.
